Thạch anh là khoáng vật rất phổ biến trong tự nhiên và là thành phần của rất nhiều loại đá và khoáng sản quặng. Thạch anh thường gặp ở dạng thành phần chính của nhiều loại đá magma axit xâm nhập và phun trào ở dạng hạnh nhân như mã não và onix, một số đá trầm tích cơ học như cát kết thạch anh, đá biến chất từ các loại đá trên như quartzit. Trong các quá trình biến chất thạch anh hình thành do sự khử nước của các đá trầm tích chứa opal để thành tạo ngọc bích. Trong các quá trình ngoại sinh thạch anh và conxedon thành tạo do sự khử nước và tái kết tinh của keo silic. Ngoài ra còn gặp các tinh thể lớn của thạch anh trong các hỗng pegmatit cộng sinh với fenspat, muscovit, topaz, beryl và một số khoáng vật khác, và là khoáng vật phổ biến trong các khoáng sàng nhiệt dịch.

Các tinh thể thạch anh xuất hiện trong tự nhiên có độ tinh khiết cao thường dùng trong công nghiệp bán dẫn thì cực kỳ đắc và hiếm. Các mỏ thạch anh có độ tinh khiết cao như mỏ đá quý Spruce Pine ở Spruce Pine, Bắc Carolina.[2] Bên cạnh đó, loại citrin được khai thác chủ yếu ở Brasil (Minas Gerais), Mỹ (Colorado), Nga (Ural), Pháp và Scotland. Còn ametit được khai thác chủ yếu ở Brasil, Uruguay...đặc biệt kết tinh trong các tinh hốc với kích thước rất lớn.

Ở Việt Nam thạch anh tinh thể đẹp gặp rất nhiều ở nam Thanh Hoá, Pia oắc, miền sông Đà ở Vạn Yên có những tinh thể lặng trụ rất dài, thạch anh tím được khai thác nhiều ở Kontum, thạch anh tinh thể, pha lê gặp nhiều ở Bảo Lộc, Gia Nghĩa...